La diferencia, a efectos de estructura web, entre subdirectorios (www.webseo.es/ejemplo) y sudominios (ejemplo.webseo.es) es basicamente la separación que queramos dar a los distintos contenidos de un sitio web.
Personalmente entiendo que cuando no nos salimos de la temática de una web no es nececesario crear distintos subdominios para los contenidos, pudiendo utilizar subdirectorios (carpetas) para los distintos contenidos o apartados del sitio web.
No obstante, cuando queremos utilizar un mismo dominio para contenidos muy distintos se hace aconsejable utilizar subdominios. También podemos utilizar subdominios para tratar los distintos idiomas de una web.
Hasta ahora Google ha considerado los distintos subdominios de un sitio como si se trataran de sitios totalmente distintos, tal como si estuvieran en dominios separados. No obstante ahora, en este artículo de Matt Cutts nos dice que se han modificado los algoritmos de Google para que vincule a un mismo sitio los distintos subdominios, evitando así el incipiente Spam (abuso) de empresas que utilizaban los subdominios para crear miles de «sitios distintos» con el único propósito de cruzar enlaces entre ellos.
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